深夜，寂静的月光下，宋慈的院落突然被一阵急促的脚步声打破。宋皇带着慌乱的神情闯入，大呼道：“宋慈，速来救驾！”然而，话音刚落，一支利箭便穿透了夜色，直射进宋皇的胸内。一声惨叫划破夜空，宋慈猛地从梦中惊醒，冷汗淋漓。
次日，宋皇下旨，紧急召宋慈进京复职。在回京的路上，宋慈凭借过人的智慧和敏锐的洞察力，成功破解了一桩民间命案，令众人赞叹不已。而在这起案件的侦破过程中，英姑犹如天外来客般突然现身，她的出现，更为整个故事增添了几分神秘色彩。
就在宋慈刚刚抵达京城之际，宫中内侍突然传旨，召他深夜进宫。夜色中，宫廷的深邃与隐秘仿佛隐藏着无数未知的秘密，令宋慈心生警惕。
与此同时，御史王儒璋私下访问湖州，发现护洪堤长期失修，汛期险情岌岌可危。他决心追查朝廷拨给湖州的五十万缗修堤资金的下落。新任湖州知府曹墨也意识到问题的严重性，开始全力追查这笔巨款的下落。
然而，一场突如其来的洪水席卷了湖州，无数生灵涂炭。在洪水的冲刷下，一具尸骨露天现世，令人触目惊心。知县姜汝成高举尸骨上留下的玉佩，面色惨白地喊道：“难道老天真要亡我大宋吗？”随即中风倒地，不省人事。
曹墨为了承担责任，自担了五十万缗失踪之责，被押解进狱。临行前，他将玉佩交给妻子玉娘，嘱托她将其交给宋慈。玉娘为了寻求真相，夜闯提刑司，将玉佩交给了宋慈。于是，一场惊心动魄的追查“皇室谜案”的序幕，就此拉开。
在夜色朦胧的牢狱深处，宋慈秘密拜访了身陷囹圄的曹墨。他紧握那块玉佩，沉声对曹墨说：“此玉佩乃皇室之物，此案非同小可，必须上奏皇上，深入追查。”曹墨眼中闪过一丝复杂的情绪，但他深知事态严重，点头默许。
户部尚伍德却向宋皇进言，以王朝安危为重，劝诫皇上不要因为区区五十万缗的小事而动摇大局。宋皇陷入沉思，权衡利弊。
与此同时，御史王儒璋深夜提审曹墨，试图逼问出五十万缗的下落。但曹墨咬紧牙关，宁死不屈，他提出一个请求：希望能出狱三日，处理完灾后的善后事宜，之后愿接受朝廷的任何惩罚。王儒璋犹豫片刻，最终答应了曹墨的请求。
另一边，宋慈心中疑云重重，他来到史馆，希望能从史册中找到关于那位皇室贵胄遗体的线索。然而，当他翻阅皇子皇孙生时卒年的史册时，惊讶地发现有几页竟然被人撤去，而且据说还因此导致一位史官丧命。宋慈的眉头紧锁，他意识到这绝非简单的失窃案，而是一场精心策划的蓄意谋杀。
宋皇深思熟虑后，决定让曹墨戴罪立功，去完成湖州灾后的重建工作。曹墨感激涕零，在皇街上长跪不起，叩谢圣恩。户部侍郎李佑淳却私下找到伍德，低声告诫他：“圣上虽放了曹墨，但五十万缗专银案并未了结。更大的案底即将浮出水面，你要小心行事。”
宋慈为了寻找线索，踏上了前往天目山的路，寻访当年的太子太傅阚愚直。当他将玉佩展示在阚老先生面前时，这位二十年未曾开口的老者，竟然轻声唤出：“起风了。”这简短的话语，似乎隐藏着无尽的秘密。
英姑担忧地看着宋慈，她告诉宋慈这玉佩之案很可能涉及皇室内部的血腥争斗，劝他不要深入追查。但宋慈眼中闪烁着坚定的光芒，他沉声道：“此案关乎大宋安危，若不揭开这个谜底，消除王朝的隐患，我宋慈岂能心安？”
为了揭开皇室谜案，宋慈来到中风的姜汝成家，留下药物和钱财，希望姜汝成能够康复，为案件提供关键线索。然而，玉贞却试图阻止宋慈深入此案，她搬来了婆母。但出乎意料的是，婆母却支持宋慈深入追查此案，她深知只有揭开真相，才能还朝廷一个清明。
在史官裴时安的家中，宋慈意外发现了当年裴老史官抄录的皇子皇孙生卒时表。他仔细研读，渐渐揭开了一个惊人的秘密——现今的皇上竟然不是先皇的亲生之子！这个发现让宋慈震惊不已，他意识到这起案件远比想象中更加复杂和危险。
在深夜的皇宫中，宋皇端详着那块玉佩，眼中闪过一丝惊愕。他缓缓开口，声音带着几分沉重：“这块玉佩，乃是当年太子随身之物。可我记得，太子早已在那场火灾中离世。那么，它怎会出现在荒山野岭的一具尸骨上呢？那皇陵中的太子，究竟又是何人？”
宋慈心中涌起一股强烈的不安，他深知这背后定有惊天秘密。为了揭开真相，他深夜潜入提刑司，请求开皇陵验尸。然而，这在大宋法律中乃是重罪，一旦惊动皇陵，便会诛灭九族。
宋母得知此事，心如刀绞。她带着全家数口，被缚在皇陵外的刑台上，等待着宋慈开棺的结果。那一刻，整个家族的命运都悬于一线。
终于，宋慈手捧尸骨走出皇陵，他的脸色苍白而凝重。他缓缓走到宋皇面前，沉声道：“陛下，陵内并非济王尸骨，而是一具怀胎十月的女尸。”此言一出，宋皇及众人皆惊呆了。他们无法相信，皇陵中竟藏着如此惊天秘密。
而宋家数口，也因此躲过了这场灭族之灾。然而，对于宋慈来说，这仅仅是揭开真相的第一步。
皇陵验尸使得太子失踪案大白于天下，然而，这并未让宋慈停下脚步。史官裴时安劝他此案可以终结了，但宋慈却从丢失的史册上发现了一处血手印，这成为了新的线索和疑点。
他深信，太子失踪与史料被窃之间定有千丝万缕的联系。于是，宋慈再次进宫，奏见圣上，请求深入调查此案。他知道，只有揭开这一切的真相，才能还朝廷一个清明，还百姓一个公道。
宋慈神情凝重地奏请圣上：“陛下，臣恳请暂缓尸骨入殓下葬。济王之死因何而起，又缘何被弃于荒山野岭，这一切仍如重重迷雾，未能解开。”宋皇面色沉肃，他深吸了一口气，缓缓道：“朕已下旨，为济王举行四十九天的皇家祭礼。宋慈，朕命你在此期间查清济王死因，若无法完成，后果自负。”
与此同时，曹墨已返回湖州，忙于处理灾后重建事宜。王儒璋心中疑虑重重，他决定私访湖州，亲自查探曹墨的为人。当他看到百姓对曹墨的功德赞不绝口时，心中不禁动摇。他暗自思忖：“如此清官，怎会贪吞专银？”于是，他下定决心要再次面见曹墨，查清真相。
就在王儒璋准备拜访曹墨之际，他的门生邹少卿却匆匆赶来，神色紧张地告知他：“御史大人，曹墨昨夜已飞马进京了。您此行湖州查专银案，务必小心行事。”王儒璋闻言，眉头紧锁，心中涌起一股不祥的预感。他深知，这场专银案背后，必定隐藏着更深的秘密和阴谋。
曹墨心怀满腔的疑惑与急切，欲求面见圣上，然而却被御林军毫不留情地推出宫门。他无奈之下，转而来到提刑司，面色凝重地找到宋慈。曹墨深吸一口气，沉声道：“宋大人，要想真正揭开济王生死之谜，唯有让姜汝成开口说话。他或许是解开这一切的关键。”
与此同时，英姑悄悄潜入提刑司，将那具神秘的尸骨头颅偷出。她找到了摸古先生，请求他通过鉴摸骨骼来推测人像。然而，当摸古先生完成他的推测后，英姑看到的结果却让她心惊魂呆，仿佛看到了什么不可思议的事情。
而在另一边，宋慈也在用自己的方式寻找线索。他利用尸体的脚骨，精心塑出了一个人的脚部形状。然而，当他将这个“人脚”与济王的朝靴进行对比时，却发现两者根本无法相配。这一发现让宋慈的心中涌起一股强烈的不安。
宋慈立即将这一发现奏报给圣上，他声音坚定地说：“陛下，经过仔细查验，这具尸骨并非济王，而是一位船夫。”此言一出，宋皇大怒，他无法接受这样的结果。他怒视着宋慈，命令他在中秋月圆之日查清济王生死真相。
济王生死之谜在朝廷上下引起了巨大的震动。就在此时，一位三朝老臣杜汝圭，颤颤巍巍地走到刑部尚面前，他的眼中闪烁着复杂的情绪。他深吸一口气，缓缓道出了当年奸臣废太子、立现今圣上为帝的真情。这一消息如同惊雷般在朝廷中炸开，让所有人都震惊不已。
宋慈紧张地跪在御前，奏请圣上：“恳请陛下在三天内下旨，允许臣去查清济王生死案。然而，三日之期将近，却迟迟未见圣旨，臣心中焦急如焚。”英姑看到宋慈这般模样，心疼地劝道：“宋大人，别再查了，免得再引来九族之祸。若三天期满仍未有圣旨，您便辞职归故吧。”
宋慈心中却有一股不甘之火在烧。他知道，这个案子关系到朝廷的安危，关系到济王的生死之谜。他不能就这样放弃。
此时，伍德也来到御前，向宋皇进言：“陛下，为了安稳众臣之心，尽快下旨让宋慈查济王案吧。不过，微臣要提醒陛下，即便宋慈有天大的本事，他也无从查明真相。因为知情人已如同死人，这个人就是姜汝成。”
宋皇听后，沉默良久。最终，他下旨让宋慈在一个半月内查清济王生死案。若不能按期破案，将重罪惩办宋慈。
另一边，王儒璋也向圣上举荐曹墨为百姓楷模，请求重用其人。宋皇听后，决定暗访湖州，亲自考察曹墨的为人和能力。
在湖州，宋皇密见曹墨，曹墨向圣上讲出了五十万缗专银被贪的真情。他表示，为了朝廷之安，他愿意自己承担其罪。曹墨的忠臣之举深深打动了宋皇。宋皇向曹墨点示了户部侍郎李佑淳被人参奏私心之重，并嘱咐他妥善处理专银之事。曹墨心领圣意，拜谢圣上后，走进了御史府。
曹墨怀揣着沉重的秘密，找到了王儒璋，他低声而坚定地揭发了李佑淳吞贪五十万缗专银的丑事。王儒璋听后，脸色骤变，他立刻下令抓捕李佑淳。然而，当官兵推开李府的大门时，他们发现李佑淳已经躺在了一片血泊之中，他的双眼瞪得大大的，似乎死不瞑目。
王儒璋心中涌起一股强烈的不安，他请来了宋慈来现场查验李佑淳的死因。然而，宋慈的查验结果却让人摸不着头脑，他给出的结论模糊不清，让王儒璋大生疑惑。
此时，吏、户、刑三部尚也闻讯赶到了李佑淳的案发现场。他们经过一番勘察后，竟然声称李佑淳是自杀身亡。他们还将李佑淳的“自杀”行为解释得头头是道，仿佛真的就是如此。然而，王儒璋却总觉得事情并非那么简单。
他在李府的房中，意外地发现了一个用血写成的“奏”字。这个字让他心中一震，他立刻来到提刑司，怒训宋慈为何不给李佑淳的死因下一个准确的结论。他将那个血“奏”字交给了宋慈，希望他能从中找出线索。
夜晚，王儒璋决定亲自再次查看李府的案发现场。然而，就在他深入勘察时，突然一个身影从暗处闪出，那竟然是“复活”的李佑淳！王儒璋吓得魂飞天外，他几乎不敢相信自己的眼睛。然而，当他定睛一看时，却发现这个“活李佑淳”竟然是宋慈所扮。
原来，宋慈一直在暗中调查这起案件，他发现李佑淳的死并非自杀，而是一场精心策划的谋杀。他通过现场演示，向王儒璋展示了案发经过，并得出结论：李佑淳是被他杀身亡，而现场则是经过缜密的“设置”。
宋皇在金碧辉煌的宫中设宴，款待王儒璋、杜汝圭、吕盟臣及宋慈等重臣。酒过三巡，宋皇似有醉意，借口不胜酒力，转身回了后宫。随着皇帝的离去，酒席间的气氛变得凝重起来。
几位大臣开始围绕李佑淳的离奇死亡展开激烈的讨论，试图找出背后的凶手。王儒璋眉头紧锁，突然他眼中闪过一丝光芒，断言道：“依我看，曹墨有重大嫌疑，他极有可能是杀害李佑淳的凶手。”此言一出，众臣皆惊，面面相觑。
然而，宋慈却冷静地摇了摇头，他深吸一口气，缓缓道出：“经我现场查验，杀人者乃是右手握刀。而曹墨，却是一个断了右臂的残人，他又如何能持刀杀人呢？”此言一出，众臣的疑虑稍减，但仍对李佑淳的死因感到困惑。
王儒璋心中不服，他来到提刑司，找到宋慈，责备道：“你在验尸报告上写得是悬息而亡，现在又冒出个右手持刀杀人之说，到底哪个是真哪个是假？”宋慈微微一笑，他向王儒璋解释道：“下官之所以在报告中写下悬息而亡，是为了避免王大人您误入歧途。实际上，我经过深入调查，发现谋杀李佑淳的凶手与十年前谋杀史官的凶手是同出一人。
在夜色的掩护下，英姑悄无声息地展开了她的暗访行动。经过一番周折，她终于得知了李佑淳妻儿的下落。然而，就在此时，李佑淳的妻儿却突然闯入了御史府，他们面色凝重，手中紧握着一份看似重要的秘密件，径直向王儒璋呈上。
宋慈凭借敏锐的洞察力，断定阚氏父子与现存的太子党人之间有着密切的联系。为了揭开这背后的阴谋，他果断地派遣张堂前往天目山，密切监视那里的一切活动。
与此同时，杜汝圭和吕蒙臣在一条幽暗的密巷里低声谈论着如何避开李佑淳一案的牵连。然而，就在他们交谈之际，王儒璋却突然出现在他们面前。他神色凝重地告知两人，李佑淳是畏罪自杀，并宣布自己将告假休息一段时间。