姚启胜感觉到战争在所难免，因为他知道谈来的总没有打来的实在。于是重新开始建造战船编练新的福建水师。期间，招降活动从未停止，他把漳州卫改为修来馆。用来专门招降郑家投降的官兵，这次招降啊，规模更大，条件也更加优厚。他说，对投诚的这个官员啊，保留原职或按照原衔儿补官，士兵赏银20两到50两不等，招抚政策作用非常明显，据统计姚启圣为了妥善的安排投诚的官兵，自掏腰包给他们安置费，仅仅是捐了的银两就有将近一万两。
到了康熙19年，也就公元一六八零年，姚启胜率领新的福建水师在金门，厦门大败郑军。郑军水师大将朱天贵率两万多人，舰船300多艘，投降了清朝。这么一来郑经在大陆最后一块儿地盘失守，狼狈逃回台湾。沿海岛屿都被清军占领。从此之后，郑经沉迷酒色，不问政事。看来就是彻底失望了啊，知道自己没戏了，这才让长子郑克臧监国主政，结果几个月之后呢，郑经病死在了台湾。
他的两个儿子，郑克臧跟郑克塽为了争权夺位，又开始自相残杀。这就是老子带的好楷模，从他那边就开始自相残杀。郑克塽的岳父权臣冯锡范当场杀死了郑克臧，拥立年仅12岁的郑京次子也就是郑克塽袭延平郡王爵，史称东宁之变，但是当杀死郑经指定的继承人之后，台湾也是人心涣散。并且在不久又爆发了饥荒，其实冯锡范立幼主的目的就是把权力呀掌握在自己手中。不久终结了三藩之乱的康熙，得到了这个闽浙总督姚启胜的密报。听闻这个台湾，现在是主少国疑，觉得现在是收复台湾的大好时机。所以呢，下达了最新的招抚条件，大清不驻军，我们不在你那驻军，你们不用剃发，不用改衣冠，也不用登岸，就你们不用上大陆来，等于你明郑子孙誓守台湾，你称臣就行。这是康熙历次招抚政策当中最优厚的一次结果。郑家这会儿死催的了。面对如此优厚的条件，依然不肯降清。康熙也就下定决心，攻台。
清廷当时讨论如何解决明郑问题，很多人反对武力攻台，而康熙帝认为时机已到，便作出支持征台的决策，准备攻台，要彻底解决台湾的势力曾经被李光地，姚启胜大力举荐的施琅也被派遣到厦门备战。施郎被派到厦门之后，一到任啊，就立刻上，要求专征台湾。专征的意思是什么呢？就打仗的事儿，我一个人说了算。当然了除了打仗其他的事情他也不管。
朝廷收到施琅的折子。同意了他的要求，所以到了康熙22年公元一六八三年的七月，福建水师提督施琅率领官兵两万余人，大型战船300多艘，中小战船230多艘，以游击蓝理为先锋。分三路向澎湖进击，游击蓝理率七船冲镇击沉焚毁郑军舰船数艘。一开始，清军攻势，比较顺利。后来潮流方向发生了变化，清军互相冲撞，阵型就散了架，郑军开始反攻，施琅的旗舰冲入敌阵救出来了好几艘船，但是，在这次战斗当中，施郎的右眼被火铳打伤，还好没打瞎傍晚，双方休战三天之后，6月22号清军又发动了总攻，战斗打响之后，清军借西南风优势，又是三路进攻。以舰船数量的优势分割包围敌舰，从早晨打到下午，炮火弓箭，交攻犹如雨点儿，可见啊，这战场上啊，硝烟弥漫，打得非常激烈。
先锋蓝理越战越勇，脱光了膀子，指挥战斗。刹时间，被一枚炮弹啊！这当然不是整个的炮弹啊，是弹片儿击中腹部，随军官兵，一看哎呀，不好游击大人肠子流出来了啊，众弟兄赶紧过来给他塞回去，帮他包扎好，蓝理又站起来指挥战斗，非常骁勇。就在肠子都出来的情况，他指挥又击沉了两艘战舰，烧死无数人清军士气大振，康熙在战后评价蓝血战破敌，功在首先！授予这个蓝里参将职务，后来呢，一路升到了福建陆路提督。当时明政的军队在刘国轩的指挥之下，也是奋勇作战啊，双方都杀红了眼。
激战当中，清军总兵朱天贵战死，这个人本来也是明郑的降将，经过充分休整和准备的清军向澎湖郑军发起总攻。经过9小时激战，清军取得全面胜利，共毙伤郑军官兵一万二千人，俘获五千余人。击毁、缴获郑军战船150余艘。郑军主将刘国轩乘小船从北面的吼门逃往台湾。此役清军阵亡329人，负伤1800余人，整场决战还是以清军大获全胜而告终。
这下基本上台湾的武装力量不是清朝的对手了，此战首功在施琅，但是姚启圣起的作用也是很大，可见康熙在用人上师范非常懂得人尽其才的。