与政府平行的是法院、监察院。
法院的架构变化不大，但是在审判的时候大部分还是使用大清律例。随着江北商业活动越来越频繁，商业纠纷愈加复杂，这些纠纷在大清律例里面很难找到依据。
淮海军现在是没有立法机构的，董恒现在也不准备弄这个机构。他现在对淮海军的机构设置上还是本着实用、高效、廉洁这几个要点。
最近他让人翻译了很多国外的法典。其中拿破仑颁布的《法国民法典》最让他看中，都说拿破仑最大的成就不是军事方面，而是颁布了一部《民法典》，果真如此。这部法典的立法理念非常先进，怪不得一百年后人们还能继续使用它。
董恒也专门学习过法律，后世中国法律基本上承袭的德日的大陆法系，殊不知法国才是大陆法系的鼻祖。
董恒认为中国以后还是要走大陆法系的路线。像英国那样的普通法系，以判例为主，会导致培养法律人才的难度增大，不符合当前中国的国情。
大陆法系要培养一个法律人才只要学习法典，了解立法精神基本上就可以了。而普通法系，要培养法律人才，必须要有长时间的法律熏陶，或者实践让这个人能够从庞杂的判例中自己体会出审判的奥义，这就像是研究中国的玄学一般。
为了解决这个问题，董恒跟约翰·塞纳合作建立的圣约翰大学将专门成立一个政法学院。培养大陆法系的人才，为今后建立完备的法律体系做好准备。
当然，远水解不了近渴，法学院的学生现在都还不知道在哪里呢。
就当前的问题，董恒给的解决方法是“抄袭”。拿破仑法典中哪些法条能方便解决咱们现在的问题，那么就抄下来。一个法典太长，那就拆开它，把《债法》、《合同法》、《物权法》等单独抄出来，以淮海军法令的形式发布施行。
程序法上根据淮海军的实际情况编写一部《诉讼法》，也不分民诉刑诉了，简单的才更实用。
这样凑活着，法院就能“开张”了。
对于董恒这样的安排，伍挺是支持的。他是一个老刑名师爷，对国人的思维很了解。中国人判案还是习惯依据律条，老百姓也都觉得法官判案应该依律来判。你说你根据自己对法的精神的理解来判案，老百姓肯定不接受。
董恒要求法院系统的所有法官都要轮流接受培训。既然要抄法国民法典，像孟德斯鸠的《论法的精神》这样介绍近代法学思想的启蒙籍肯定是要读一读、学一学的。
他手下的这些法官大部分都是以前的刑名师爷，不求完全改变他们，至少也要让他们被动地学习一些新的法学思想。等到他自己培养的法学人才进入法院系统，才能够真正从根本上改变当前的法治状况。
……
监察院与法院、政府并列，其职责就是监察内部人员，处理违纪违法行为。
李虎的为人，董恒是信任的。监察院前面一段时间搞的内部大整顿，确实树立了监察院的威信，因为每一个案子监察院都做得铁证如山。
为了完善监察院的职能，董恒这次要求监察院以后在每个重要部门都设立监察室。直接直属于监察院纵向管理。
为了防止监察室的人与驻在单位的人串通一气，董恒规定监察室的人在一地的任职不得超过两年。
在军队中营级以上设立监察委员这个岗位，监察委员负责监督军纪，呈报军功奖励，任何时候不得干预军事指挥。但是对于军事主官的问题有上报的权力。
这样监察院就建立了覆盖到淮海军政、军系统的各个方面，构建了一个全方位的网络。
上午安排好了一府两院的工作，下午董恒单独就军队整编开会讨论。因为很多地方涉密，政府、法院、监察院除了高层以外，其他人都休会休息。
会议进入了最重要的环节——军队的整改组、扩编。
会议开始是一个表彰环节，董恒为之前在扬州战役中表现突出的部队，颁发集体奖励。
之后，董恒发表了讲话。肯定了淮海军的部队的建设情况。他要求部队要继续发扬不怕苦、不畏难的优良作风，遵守“三大纪律八项注意”。维护地方稳定，保护人民群众的生命财产安全。
最后，董恒以陆海军总司令的名义宣读改组、整编方案。
总司令之下设立总参谋部。
刘青南任副总司令，严仕坤担任总参谋长，原来的参军室并入总参谋部，彭玉麟以及普鲁士退役上校汉斯担任副总参谋长，另外还有几名专业能力强的普鲁士军官加入参谋部。
董恒觉得普鲁士作为现代参谋制度的发源地，与他们军官的严谨作风制密不可分。所以他才会不遗余力地引进普鲁士的军官，想通过他们影响自己手下的军官。
总参谋部负责作战情报的分析，作战计划的制定。战时要负责向一线派遣作战参谋。
……
总后勤部。
由原淮海公司采购部部长韩云担任部长。总管淮海军海陆军的物资采购、储备、供应。兵工厂、弹药长以及高邮军用造船厂将划给总后勤部管理。这个部门很容易滋生腐败，董恒觉得必须交给自己信任的人管。
总作训部兼民兵司令部。
由原武装部部长马宗武担任部长兼民兵副总司令。作训部负责新兵的征募、训练，民兵的日常训练管理，同时管理全军士兵军籍，晋升奖惩……
淮海军陆军野战部队扩编为三个师。除了一些特殊兵种以外，董恒不准备设置旅一级单位。以后淮海军将以师为单位展开作战。军一级的单位目前还不需要，而且淮海军也还没那么多部队。
野战部队为四个师一个纵队。
教导师。